| 昭和28年9月 | 診療科4科（内科、小児科、外科、産婦人科）、病床数98床をもって水俣市立病院として開院 |
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| 昭和29年8月 | 病床数202床となる |
| 昭和29年12月 | 放射線科を新設 |
| 昭和30年6月 | 整形外科を新設 病床数216床となる |
| 昭和31年9月 | 久木野村合併に伴い、附属久木野診療所とする |
| 昭和32年8月 | 皮膚泌尿器科（現皮膚科、泌尿器科）、眼科、耳鼻咽喉科、高血圧センター（現循環器内科）を新設 医療法に基づく「総合病院」となる 病床数250床となる |
| 昭和37年6月 | 本館を増改築、病床数373床となる |
| 昭和40年3月 | 附属湯之児病院（リハビリテーションセンター）を開院 |
| 昭和40年5月 | 病床数395床となる |
| 昭和43年1月 | 麻酔科を新設 |
| 昭和45年9月 | 脳神経外科を新設 |
| 昭和50年3月 | 人工透析センターを設置 |
| 昭和63年12月 | 東館棟完成 |
| 平成元年7月 | 西館（3～5F）改修完成 |
| 平成元年9月 | 本館棟完成 |
| 平成2年1月 | 国保水俣市立総合医療センターに名称変更 |
| 平成2年10月 | 神経内科開設 |
| 平成9年3月 | 消化器科、リハビリテーション開設 |
| 平成11年11月 | オーダリングシステム導入 |
| 平成14年11月 | 歯科口腔外科を開設 |
| 平成15年8月 | 病院機能評価認定 |
| 平成17年4月 | 附属湯之児病院と統合、病床数418床となる |
| 平成18年4月 | 内科が診療科名変更し呼吸器科となる |
| 平成18年7月 | DPC対象病院として認定される |
| 平成18年10月 | 電子カルテシステム導入 |
| 平成20年4月 | 病床数417床へ（人間ドック1床減） |
| 平成21年4月 | 院内保育所（むつみ）の設置 |
| 平成22年4月 | 地方公営企業法の全部適用 標榜診療科の追加：代謝内科 標榜診療科名の変更
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| 平成22年8月 | 熊本県指定がん診療連携拠点病院の指定を受ける |
| 平成23年11月 | 地域医療支援病院として承認される |
| 平成25年3月 | 新西館竣工 |
| 平成25年4月 | 病床数401床へ 、外来化学療法センターの開設 |
| 平成26年6月 | 自治体立優良病院 全国自治体病院協議会表彰を受賞 |
| 平成26年9月 | 基幹型臨床研修病院の指定を受ける |
| 平成27年6月 | 自治体立優良病院 総務大臣表彰を受賞 |
| 平成28年4月 | 附属久木野診療所で訪問看護事業を開始 |
| 平成28年6月 | 非常勤医師による総合診療科の診療を開始 |
| 平成30年9月 | 病床数361床へ 、休床50床のうち40床を返還 |
| 令和元年6月 | HCU開設（10床） |
| 令和7年3月 | 病床数349床へ（一般病床12床減） |
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